Das Unternehmen wurde bereits 1635 von Carsten Sietasch gegründet und ist die älteste noch bestehende Werft in Hamburg. Zudem zählt sie zu den ältesten Betrieben der Hansestadt. Seit der Gründung war das Unternehmen ununterbrochen im Familienbesitz und wurde bis Anfang 2009 in der neunten Generation geführt. Nachdem die Werft durch steigende Stahlpreise, den rasanten Ratenverfall bei Containerschiffen und falsche Kostenkalkulation in finanzielle Schwierigkeiten geriet, wurde vom größten Gläubiger der Werft, der HSH Nordbank, Anfang März 2009 ein neues Management eingesetzt. Damit wird die Werft erstmals seit 1635 von Familienfremden geführt.  Die Werft beschäftigt heute etwa 900 Mitarbeiter, die auf einer Werksfläche von ca. 16 Hektar verschiedene Schiffstypen fertigen. In erster Linie wurden in den vergangenen Jahren kleine bis mittelgroße Containerschiffe gebaut.

Nachdem jedoch im Zuge der weltweiten Rezession 2009 besonders die Containerschifffahrt stark zurückging und J.J. Sietas mit zahlreichen Abbestellungen und schwindenem Auftragsbestand zu kämpfen hatte, will man sich nun vom Containerschiffbau abwenden und sich künftig auf Nischen im Spezialschiffbau konzentrieren. Hierzu zählen Schwergutschiffe, Fähren, Offshore Schiffe usw., aber auch Einzelsegmente für große Kreuzfahrtschiffe für die Meyer-Werft in Papenburg werden in Hamburg vorgefertigt. Das vorerst letzte Containerschiff wurde im November 2009 fertiggestellt.

Im Dezember 2010 hat Sietas einen Auftrag für das erste in Deutschland zu bauende Offshore-Windkraft-Transport- und Installationsschiff erhalten, das als Aeolus bis Anfang 2014 für die niederländische Van-Oord-Gruppe fertiggestellt wird. Dieses Geschäftsfeld gilt als zukunftsträchtig, denn in den kommenden zwanzig Jahren sollen bis zu 5000 einzelne Windkraftanlagen (WEA) in Offshore-Windparks in der Deutschen Bucht entstehen; hunderte weitere zudem vor der belgischen, britischen und dänischen Küste. Nach einer Studie der Beratungsgesellschaft KPMG vom Mai 2011 könnte die Offshore-Industrie den Werften in den kommenden acht Jahren Umsätze von bis zu 18 Milliarden Euro in Aussicht stellen und bis zu 6000 Arbeitsplätze sichern. Am 17. November 2011 wurde wegen Überschuldung ein Antrag auf Insolvenz gestellt und mit Beschluss vom 1. Februar 2012 das Insolvenzverfahren eröffnet.

Im März 2014 wurde die Sietas-Werft von der Terraline GmbH in Hamburg, die zur in St. Petersburg ansässigen Pella Shipyard gehört, übernommen. Laut Vereinbarung muss die Werft für mindestens acht Jahre weiter betrieben werden, die verbliebenen Beschäftigten wurden übernommen. Der Name des Werftunternehmens wurde nach der Übernahme in Pella Sietas GmbH geändert. Pella Sietas arbeitet im Spezialschiffbau. Insbesondere eisgängige Schiffe, Fähren und Baggerschiffe werden erbaut, aber auch Sektionen für große Kreuzfahrtschiffe z. B. für die Meyer-Werft in Papenburg werden in Hamburg vorgefertigt. In mehrere Schiffe wurden Scrubber eingebaut, um aktuelle Umweltvorschriften zu erfüllen. Auch Reparaturen und Umbauten wurden durchgeführt. Mitte 2020 zeigt Pella Sietas Interesse an der Übernahme der insolventen Flensburger Schiffbau-Gesellschaft (FSG). Am 29. Juli 2021 stellte Pella Sietas abermals einen Insolvenzantrag.