Die Gegend war in frühen Zeiten eine Morastlanschaft, durch die die Straße zwischen Paris und Saint-Denis führte. In der Zeit der Merowinger wurde an der Straße ein Friedhof (später Cimetière des Innocents genannt) angelegt. Um 1130 erhob Ludwig VI. die Friedhofkapelle in den Rang einer Kirche. Im Jahre 1135 verlegte König Ludwig VI. den zentralen Marktplatz vom Place de Grève (heute: Place de l’Hôtel-de-Ville) in die damalige Ortschaft Les Champeaux (auch: Petits Champs). Dieser Ort war ein Sumpfgebiet außerhalb der Stadtmauern. Im Jahre 1183 erwarb König Philipp II. das ganze Eigentum am Gelände. Schon zu der Zeit war es ein großer Markt, auf dem Lebensmittel, Textilien, Schuhe und Kurzwaren verkauft wurden. Die Händler ließen sich in Unterständen nieder, die sich in der Nähe der Häuser der Hersteller befanden. Nach und nach kamen weitere Händler zu den bereits ansässigen hinzu. Aufgrund des Wachstums ließ Philipp II. die ersten Hallen aufstellen, um Weber und Tuchhändler zu beherbergen. Der Markt dehnte sich weiterhin aus, so dass man seit dem 16. Jahrhundert seine Neuorganisation und die Erweiterung der Wege in Betracht zog. Man ließ Häuser mit Säulenhallen im Erdgeschoss oder bedeckten Galerien bauen, die unter dem Namen Piliers des Halles (deutsch Pfeiler der Hallen) bekannt sind. Der nahe gelegene, 1780 geschlossene, Cimetière des Innocents wurde 1789 zum Blumen-, Obst- und Gemüsemarkt (Marché des innocents) ausgebaut. Während der Zeit der Französischen Revolution und des ersten Kaiserreiches wurde das Stadtbild stark verändert. Paris litt unter Sicherheits- und Hygieneproblemen und man begann, sich über die Versorgung der Hauptstadt Gedanken zu machen. Napoleon I. reorganisierte die überdachten Märkte und ließ eine Regelung für die Schlachtung der Tiere ausarbeiten. Er plante, eine zentrale Markthalle zwischen dem Marché des innocents und der Getreide-Markthalle bauen zu lassen. Trotz allem veranlassten die ab 1830 auftretenden Hygiene- und Verkehrsprobleme den Präfekten Rambuteau, 1842 eine Kommission, die Commission des Halles, einzusetzen. Sie sollte untersuchen, ob die Hallen an ihrem bisherigen Standort bleiben oder verlegt werden sollten. Einen 1848 ausgeschriebenen Architektenwettbewerb gewann Victor Baltard mit seinem Plan, am bisherigen Standort zwölf Pavillons aus Glas und Metall zu bauen. Der erste Pavillon war noch aus Stein gefertigt, gefiel aber Napoléon III. nicht mehr, nachdem er auf einer London-Reise den Crystal Palace besichtigt hatte, der aus vorgefertigten Eisenteilen und Glassegmenten errichtet worden war. So musste der erste Pavillon abgerissen und neu erbaut werden. Zehn Pavillons entstanden zwischen 1852 und 1870, die beiden letzten wurden 1936 vollendet. Zur gleichen Zeit wurde unter Aufsicht von Eugénie de Montijo im Rahmen der Baupläne von Georges-Eugène Haussmann die Rue des Halles errichtet (am 21. Juni 1854 beschlossen, 1870 fertiggestellt), als prachtvolle Anfahrtsstraße vom Place du Châtelet zu dem neuen Marktplatz, verbunden mit der gerade fertiggestellten Ost-West-Achse, der Rue de Rivoli, und der Nord-Süd-Achse, dem Boulevard de Sébastopol. Im Jahre 1959 wurde beschlossen, den Markt nach Rungis (im Pariser Umland) und in den Stadtteil La Villette zu verlagern. 1963 schlug der Pariser Präfekt vor, das rechte Seine-Ufer zwischen Seine und Gare de l’Est zu erneuern. Das Projekt wurde nicht angenommen, aber der Pariser Gemeinderat gründete ein Planungsbüro für die Einrichtung der Markthallen und angrenzenden Sektoren. Die ersten Projekte werden vom Gemeinderat der Stadt abgewiesen, die zu renovierende Fläche wurde von 32 auf 15 Hektar verkleinert und der Rest sollte saniert werden. Weiterhin wurde eine unterirdische Einrichtung der Hallen in Betracht gezogen. Als 1969 der Markt endgültig verlegt wurde, fanden kulturelle Protestaktionen in den Pavillons statt. 1971 werden die ersten sechs Pavillons abgerissen, um einen RER-Bahnhof und das Forum des Halles zu bauen. Auf den Baustellenlöchern der abgerissenen Pavillons und angrenzenden Häuserblöcke wurden Filmszenen zu Touche pas à la femme blanche! (Berühre nicht die weiße Frau) von Marco Ferreri und der Film Le locataire (Der Mieter) von Roman Polański gedreht. Am 7. Dezember 1977 wurde der neue RER-Bahnhof Châtelet – Les Halles eingeweiht, am 4. September 1979 folgte die Eröffnung des unterirdischen Einkaufs- und Freizeitzentrums Forum des Halles. Der zweite Teil des Forums (Architekt: Paul Chemetov) wurde 1985 eröffnet. Im gleichen Jahr wurden oberirdisch Gärten angelegt. Die ehemaligen Lebensmittel-Großhandelsgeschäfte sind nach und nach verschwunden und haben sich in moderne Boutiquen umgewandelt.