Aegean Airlines ist die größte Fluggesellschaft Griechenlands mit Sitz in Kifisia und Basis auf dem Eleftherios-Venizelos-Flughafen Athen. Sie ist Mitglied der Luftfahrtallianz Star Alliance. 1987 wurde Aegean Aviation gegründet. Anfangs wurden nur Flüge mit kleinen Geschäftsreiseflugzeugen durchgeführt. 1994 kaufte der Konzern Vassilakis die Gesellschaft auf und baute sie durch die Anschaffung von Learjets weiter aus. Im März 1999 wurde die heutige Aegean Airlines gegründet, die im Mai desselben Jahres mit zwei Avro RJ100 die ersten Passagierflüge durchführte.

Im selben Jahr schloss man sich mit Air Greece zusammen. Im Jahr 2001 übernahm sie Cronus Airlines. Seit November 2005 ist sie Partner der Lufthansa. Im Jahr 2007 wurden 5.226.163 Passagiere befördert, davon 3.355.962 innerhalb Griechenlands und 1.870.201 auf internationalen Flügen. In den Jahren 2011 bis 2012 sowie 2014 bis 2017 wurde Aegean von Skytrax als beste Regionalfluggesellschaft Europas ausgezeichnet, wobei Aegean Airlines 2011 zudem weltweit die zweitbeste Regionalfluggesellschaft und 2012 die drittbeste Regionalfluggesellschaft wurde.

Ende März 2018 kündigte Aegean an, eine Flotte neuer Flugzeuge des Typs A320NEO und A321NEO in einem Umfang von 30 Stück bestellen zu wollen. Die Belieferung soll ab 2020 erfolgen. Im Dezember 2019 wurde schließlich der erste neue Airbus A320neo übernommen (SX-NEO). Dieser ist das erste Flugzeug in der Flotte mit der neuen Bemalung, dem neuen Logo und der neuen Kabine der Fluggesellschaft, welche im Februar 2020 vorgestellt wurden. Im Rahmen des gestiegenen Frachtaufkommens aufgrund der COVID-19-Pandemie baute Aegean einen Airbus A320 und A321 temporär zu Frachtmaschinen um und flog damit u. a. medizinische Güter aus China und anderen asiatischen Ländern nach Europa.