Iberia wurde am 28. Juni 1927 mit einem von einem spanischen Investor und der damaligen Deutschen Luft Hansa (DLH) bereitgestellten Grundkapital von 1,1 Millionen Peseten gegründet. Die DLH hatte im Rahmen ihrer geplanten Flugverbindung nach Südamerika großes Interesse an der iberischen Halbinsel. Nach Abschluss des Pariser Luftfahrtabkommens im Mai 1926 war für die DLH die Flugstrecke nach Spanien über Frankreich offen. Bereits im Oktober 1926 wurden die Verhandlungen über die Gründung einer spanischen Gesellschaft mit einem spanischen Konsortium abgeschlossen. Mitte 1927 konnte die jetzt Iberia genannte Gesellschaft die Geschäfte aufnehmen. Das Deutsche Reich schloss Ende des Jahres ein Luftverkehrsabkommen mit der spanischen Regierung, um sich die Streckenrechte für den geplanten Verkehr nach Südamerika sichern zu können. In diesem Abkommen ging es um Durchflug- und Landerechte, besonders auch auf den Azoren, den portugiesischen Kapverden und den Kanaren. Technische Schwierigkeiten mit den für den Verkehr vorgesehenen Dornier Do R- und Romar-Flugbooten verzögerten aber die Verkehrsaufnahme. Iberia konnte am 14. Dezember 1927 die Strecke zwischen Barcelona und Madrid mit von der DLH gecharterten Rohrbach Ro VIII aufnehmen.[6] Spanien konnte aber ab Januar 1928 an das Flugnetz der DLH angeschlossen werden, indem die Strecke Stuttgart-Marseille bis Barcelona verlängert wurde, wenn auch der Betrieb der Iberia zum Jahresende 1928 wieder eingestellt wurde. Der Verkehr der Iberia wurde vom 14. Dezember 1927 bis 31. Dezember 1928 auf der Strecke Barcelona-Madrid durchgeführt. Nach anfänglichem werktäglichen Dienst wurde die Flugdichte aber bereits im Februar 1928 heruntergesetzt. Die gecharterten fünf oder sechs Rohrbach Ro VIII wurden bis auf die im April 1928 verunglückte M-CCCC im April und Mai 1929 wieder an die DLH zurückgegeben. In diesen Jahren war Iberia sowohl technisch als auch organisatorisch vollständig von der Deutschen Luft Hansa abhängig.

1960 stellte Iberia ihr erstes Düsenflugzeug, eine Douglas DC-8, in Dienst. Später wurde Iberia der größte Betreiber der Boeing 727 und erster Betreiber der Douglas DC-9-32 in Europa. Im Jahr 1972 trat Iberia dem ATLAS-Konsortium bei und arbeite im Anschluss bei der Wartung von Großraumflugzeugen und der Schulung von Besatzungen mit den Fluggesellschaften Air France, Alitalia, Lufthansa und Sabena zusammen. Das bis Oktober 2013 genutzte Logo wurde bereits 1977 anlässlich des 50. Geburtstags von Iberia eingeführt und stellt das Kürzel IB mit spanischer Krone im oberen Teil des I dar. Die Firmenfarben geben kombiniert Teile der Farben der spanischen Flagge mit dem Image Spaniens als Land mit viel Sonne wieder. Ab Anfang der 1990er-Jahre wurde ein Flottenerneuerungsprogramm mit 22 Airbus A320-200 und 24 McDonnell Douglas MD-87 eingeleitet. Bei letzterem Muster war Iberia der weltweit größte Betreiber. Ab 1993 folgten Boeing 757 und ab 1996 der Airbus A340-300, der seither die Boeing 747 abgelöst hat. Im März 1999 wurde die Tochtergesellschaft Viva Air und im September 1999 die Fluggesellschaft Aviaco inklusive ihrer Flotte integriert, wodurch Iberia auch ein Betreiber der McDonnell Douglas MD-88 wurde.

Im Juni 2003 übernahm Iberia als zweite europäische Fluggesellschaft den neuen Airbus A340-600. 2004 löste Iberia ihr Drehkreuz in Miami auf. Sie reagierte damit auf die Einführung der Visumpflicht für Transitpassagiere in den USA und fliegt Ziele in Lateinamerika von Madrid aus seither direkt an. Am 6. Februar 2007 gaben die spanischen Banken Caja Madrid und BBVA bekannt, ihre Anteile an Iberia zu verkaufen. Ende des Jahres übernahm die Caja Madrid die Anteile von Logista und BBVA und wurde mit 22,99 % zum Mehrheitsaktionär von Iberia.

Im März 2008 erhöhte British Airways ihren Anteil an Iberia von 10 auf 13,15 %. Am 29. Juli 2008 erklärten Iberia und British Airways, dass über eine Fusion beider Fluggesellschaften verhandelt werde. Am 12. November 2009 kündigten British Airways und Iberia die Fusion zur sechstgrößten Fluggesellschaft der Welt an. Die Fusion hat einen finanziellen Umfang von 7 Milliarden US-Dollar und wurde am 21. Januar 2011 mit dem Eintrag in das Handelsregister abgeschlossen. Das Dachunternehmen ist die neue International Airlines Group.

Im Oktober 2011 wurde die Gründung der Billigfluggesellschaft Iberia Express bekanntgegeben, die ab 23. März 2012 vier Flugzeuge und einige Strecken der Muttergesellschaft ab Madrid übernahm und seitdem sukzessive wuchs. Die Gründung von Iberia Express rief Proteste hervor. Im November 2012 kündigte Iberia den Abbau von 4500 Arbeitsplätzen an. Im Streit um einen Sanierungsplan, der einen Abbau von nun 3800 Arbeitsplätzen und Gehaltskürzungen vorsah, rief das Boden- und Kabinenpersonal am 18. Februar 2013 zu einem fünftägigen Streik auf. Am 27. März 2013 wurde Rafael Sanchez-Lozano durch Luis Gallego ersetzt, den Chef der Billigflug-Tochtergesellschaft Iberia Express. Die spanische Regierung hatte zuvor einen Schlichter eingesetzt. Es sollten deutlich weniger Arbeitsplätze abgebaut werden als ursprünglich geplant und der Gehaltsverzicht geringer ausfallen.

Im Frühjahr 2013 erhielt Iberia den ersten von acht Airbus A330-300, die einen Teil der Airbus A340-300 ablösten. Sie sind erstmals mit Inflight-Entertainment in der Economy-Klasse ausgestattet. Die A340-600 werden nachgerüstet. IAG gab im August 2013 Optionen über 32 Airbus A350-900 und zwölf Boeing 787-9 bekannt, um die Langstreckenflotte zu erneuern. Im Oktober 2013 stellte Iberia ein neues Corporate Design vor. Im September 2014 wandelte Iberia acht Optionen für den Airbus A330-200 in Bestellungen um, die einen Teil der A340 ersetzen. Ende 2014 gab IAG bekannt, dass der Turnaround bei Iberia erreicht wurde und die Fluggesellschaft wieder Gewinn schreibt.

Im Oktober 2024 wird die erste Maschine vom Typ A321-XLR ausgeliefert, mit der Iberia zukünftig Ziele an der Ostküste der USA anfliegen will. Die Maschine hat 14 Plätze in der Business-Class und 168 Plätze in der Exonomy-Class.