Die Kaisergruft, auch Kapuzinergruft oder Kaisergruft bei den P.P. Kapuzinern in Wien genannt, ist eine Begräbnisstätte der Habsburger und Habsburg-Lothringer in Wien. Die Gruft befindet sich am Neuen Markt unter dem Kapuzinerkloster und wird von den gleichnamigen Ordensbrüdern, den Kapuzinern, betreut.

Das Kapuzinerkloster Wien ist eine Niederlassung von Ordensbrüdern der Kapuziner in Wien. Zusammen mit der Kapuzinerkirche befindet sie sich in der Wiener Innenstadt am Neuen Markt. Unter der Klosteranlage erstreckt sich die Kapuzinergruft, die Grablege der Habsburger. Das Kloster des Kapuzinerordens in Wien, samt Klosterkirche und Kaisergruft, wurde 1618 von Kaiserin Anna (1585–1618), der Gemahlin des Kaisers Matthias (1557–1619), testamentarisch gestiftet. Unter Ferdinand II. (1578–1637) erfolgte am 8. September 1622 die Grundsteinlegung am damaligen Mehlmarkt bzw. bei der Mehlgrube. Der Bau begann 1622. Auf Grund des Dreißigjährigen Krieges verzögerten sich die Arbeiten und die Kirche konnte erst 1632 vollendet werden.

Im 17. Jahrhundert lebte im Kapuzinerkloster der später seliggesprochene Prediger Marco d'Aviano, der in der Kapuzinerkirche bestattet ist. An der Außenwand des Kapuzinerklosters erinnert eine überlebensgroße Statue an ihn. Am 7. Juni 1766 starb hier der Kapuziner-Generalminister Paul von Colindres; er wurde ebenfalls in der Kirche beigesetzt. Kirche und Kloster wurden öfters umgebaut; die Fassade der Kirche wurde in den Jahren 1934 bis 1936 nach historischen Bildern rekonstruiert.

Nach seiner Gründung aufgrund der testamentarischen Stiftung Kaiserin Annas erlebte das Wiener Kapuzinerkloster wechselvolle Jahre, die den Mönchen besonders glanzvolle wie auch beschwerliche Zeiten beschert hatten. So wurde zu Anfang des 19. Jahrhunderts, als die Mönchsgemeinschaft vom Aussterben bedroht war, in Erwägung gezogen, die Begräbnisstätte der Habsburger in die nahe Augustinerkirche zu verlegen, doch kam es nicht dazu. In den Jahren 1840–1842 wurde das baufällige Kloster unter Kaiser Ferdinand I. niedergerissen und in seiner heutigen Form neu erbaut. Das Wiener Kapuzinerkloster gehört zur österreichischen Kapuzinerprovinz mit Sitz in Innsbruck. Im Unterschied zur Kapuzinergruft und der Kapuzinerkirche sind die Räume des Klosters, von gelegentlichen Ausstellungen abgesehen, nicht öffentlich zugänglich.

Kaiserin Anna stiftete 1617 testamentarisch das Kapuzinerkloster und verfügte den Bau der Gruft. Ein Jahr später starb sie, im Jahr darauf ihr Mann, Kaiser Matthias. Begonnen wurde der Bau unter seinem Nachfolger Ferdinand II. (reg. 1619–1637) im Jahr 1622. Wegen des Dreißigjährigen Krieges dauerte der Bau elf Jahre. Nach der Fertigstellung im Jahr 1633 wurden die Särge von Anna und Matthias in die Gruft überführt. Seither wurde die Gruft insgesamt achtmal erweitert. Kaiser Ferdinand III. (reg. 1637–1657) gab den ersten Auftrag zur Erweiterung der Gruft. Dadurch schuf er die Grundlage zum Ausbau der Kaisergruft zu einer Erbbegräbnisstätte der Familie Habsburg (später Habsburg-Lothringen). 1662 lieferte Steinmetzmeister Ambrosius Ferrethi aus Kaisersteinbruch für die Gründer- und die Leopoldsgruft Bodenplatten und Stiegenstufen aus glattpoliertem Kaiserstein.

In den Jahren 1908 / 1909 wurde anlässlich des 60-Jahre-Regierungsjubiläums von Kaiser Franz Joseph I. der nach ihm benannte Teil erweitert. Zu seiner Zeit erfolgte auch die Verkleidung des vom Kloster hinunterführenden Stiegenganges mit weißen Fliesen; 1909 wurde elektrisches Licht installiert. Die bisher letzte Erweiterung (Neue Gruft) fand von 1960 bis 1962 unter der Leitung von Karl Schwanzer im Auftrag der Republik Österreich statt.

Heute ist die Kaisergruft die letzte Ruhestätte für 12 Kaiser, 19 Kaiserinnen und viele weitere Mitglieder der Familie Habsburg bzw. Habsburg-Lothringen. Künstlerisch bemerkenswert sind die Karlsgruft (unter Kaiser Karl VI. vor 1720 angelegt, geplant von Johann Lucas von Hildebrandt) und die Maria-Theresien-Gruft (1758, geplant von Jean Nicolas Jadot de Ville-Issey und Nikolaus Pacassi), die in anmutigem Rokokostil gehalten ist. Der große, spätbarocke Doppelsarkophag für Maria Theresia und Kaiser Franz I. Stephan von Lothringen stammt von Balthasar Ferdinand Moll und wurde bereits zu ihren Lebzeiten angefertigt.

Als einzige Protestantin wurde hier 1829 Erzherzogin Henriette, Frau des erfolgreichen Feldherrn und Kaiserbruders Erzherzog Karl, bestattet, die bei ihrer Einheirat in die Familie Habsburg-Lothringen ihre Konfession nicht geändert hatte. Diese Bestattung musste von Kaiser Franz I. durchgesetzt werden.

Als bisher letzte Bestattung fand die von Otto Habsburg, Sohn des letzten Kaisers von Österreich, und seiner 2010 gestorbenen Frau Regina von Sachsen-Meiningen am 16. Juli 2011 statt. Der letzte Kaiser selbst, Karl I. (reg. 1916–1918), ist nach wie vor an seinem letzten Exilort, Funchal auf Madeira, bestattet. Die letzte Kaiserin von Österreich und Königin von Ungarn, Zita, wurde jedoch hier bestattet.Die Nachkommen des letzten österreichisch-ungarischen Herrscherpaares werden seit 1970 in der Loretokapelle des Klosters Muri im Aargau in der Schweiz, nicht weit weg von der Burg Habsburg, zur Ruhe gebettet.

Das Kloster Muri war Bestattungsort der Familie Habsburg von der Stiftung durch den Stammvater Radbot von Habsburg bis 1260. Seither haben jedoch auf ausdrücklichen Wunsch der Verstorbenen weitere Beisetzungen von Familienmitgliedern in der Gruftkapelle der Kaisergruft stattgefunden. In der Kaisergruft ruhen 138 Leichen sowie vier Herzurnen.