Der Vyšehrad wurde in der ersten Hälfte des 10. Jahrhunderts südlich der Prager Burg auf der gegenüberliegenden Seite der Moldau als zweite Burg der Premysliden gegründet. Er trug wohl ursprünglich den Namen Chrasten. Nach einer alten Legende soll der Fels an der Moldau Sitz der ersten tschechischen Herrscher, vor allem der sagenhaften Fürstin Libussa (Libuše), der Stammmutter der Tschechen, gewesen sein, die hier auch in einer Vision die Gründung Prags voraussah und der Stadt große Zukunft weissagte. Aufgrund der ausgedehnten archäologischen Forschungen steht jedoch fest, dass diese Anlage etwas jünger ist als die Burg auf dem Hradschin und erst in der ersten Hälfte des 10. Jahrhunderts besiedelt bzw. befestigt wurde. Kurz vor dem Beginn des 2.Jahrtausends existierte hier eine Münzstätte und es wurden Denare verschiedener Fürsten mit der Aufschrift "VISEGRAD", die "Hohe Burg", geprägt. Nach rund 70 Jahren Regierungstätigkeit der Přemysliden verfiel die Burg zunehmend. Fortbestand hatten dagegen die geistlichen Einrichtungen, allen voran das Kollegiatstift.

Die Kirche wurde um 1070 unter Vratislav II. als Kollegiatstiftskirche des Vyšehrader Kapitels gegründet. Gleichzeitig diente sie als Grabkirche, in der vier přemyslidische Herzöge bestattet worden sind. Ein besonderes Ausstattungsstück ist ein gotisches Tafelbild der Jungfrau Maria aus der Zeit um 1360, die Vyšehrader Madonna oder Regenmadonna. Mit ihr wurde in Dürrezeiten bei Prozessionen um Regen gebetet.

An die Kirche schließt sich der Vyšehrader Friedhof  an, der bedeutendste Prager Friedhof, auf dem unter anderem die Komponisten Dvorak, Smetana und Kubelik ihre letzte Ruhe gefunden haben, ebenfalls fand hier die große tschechische Opernsängerin Emmy Destinn (Ema Destinová) ihre letzte Ruhestätte. In den Jahren 1870 bis 1875  wurde er als nationale Begräbnisstätte geschaffen. Im Zentrum des Friedhofes steht der Slavín, die gemeinsame Ehrengruft der verdienten Persönlichkeiten des tschechischen Volkes (unter anderem auch Alfons Mucha).

Diese ist das einzige Baudenkmal des Vyšehrads, das in seiner ursprünglichen Gestalt erhalten geblieben ist. Sie ist gleichzeitig die älteste Rotunde Prags, die wahrscheinlich noch im letzten Drittel des 11.Jahrhunderts unter Vratislav II. als Pfarrkirche der Vorburg gebaut worden ist. Nach Errichtung der Barockfestung wurde sie profaniert und diente als Pulvermagazin. In den Jahren 1878 bis 1889 wurde sie renoviert und in ihren ursprünglichen Zustand zurückversetzt, wobei jedoch der Eingang auf der Westseite zugemauert und durch ein über- dimensioniertes neogotisches Portal im Süden ersetzt wurde. Auch der Marmoraltar im Inneren ist neogotisch wie auch die Ausmalungen am Portal und den Innenwänden, die Motive aus dem Vyšehrader Krönungskodex aufgreifen.

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Von der barocken Festung ist das Chotek-Tor zu nennen, das als jüngstes Tor im Empirestil im Jahr 1841 erbaut wurde. Hier liegt der Zugang zu Kasematten im Inneren der Barockbefestigung.

Das Tábor-Tor lag im Südosten noch vor den eigentlichen Schanzen. Es wurde um 1655 im Frühbarock an der äußeren barocken Befestigung errichtet. Dahinter lag die mittelalterliche Vorburg

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Das Spitze Tor bildete den Hauptzugang zum Vyšehrad und war wie auch die anderen vier Stadttore des Neustadt als "porta novem pinarum" gestaltet, also mit neun Türmchen versehen. Es zeigt noch Mauerreste des von 1348-1350 errichteten Haupttores und ein 140 m langes Teilstück der gotischen Burgmauer, die hier mit der Neustadtbefestigung zusammenstieß.

Das Leopolds-Tor lag im inneren Ring der Festung. Die ursprüngliche Zugbrücke wurde im Jahr 1842 durch die heutige Straße ersetzt.

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Die Kapelle der Jungfrau Maria an den Schanzen ist eine Wallfahrtsstätte aus der Mitte des 18. Jahrhunderts für die Skulptur der Jungfrau Maria von Loreto (heute in St. Peter und Paul). Die Kirche wurde 1784 durch Joseph II. aufgehoben, knapp ein Jahrhundert später jedoch neu geweiht. Dicht hinter der Kapelle am Abhang zum Nusle-Tal stand ursprünglich die Kirche Enthauptung des hl. Johannes, eine zweischiffige Hallenkirche des späten 14. Jahrhunderts. Nach der Verwüstung durch die Hussiten wurden auch ihre Reste durch den Festungsausbau beseitigt.

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Die Alte Propstei entstand in der ersten Hälfte des 18. Jahrhunderts und zeigt noch Fragmente alter Freskogemälde. Die Neue Propstei ist ein neogotischer Bau aus dem Jahr 1872

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Bei der St. Laurentius Basilika, einer romanischen Basilika aus der zweiten Hälfte des 11. Jahrhunderts, handelt es sich um die ursprüngliche, von Vratislav II. errichtete Pfarrkirche der Burg. Erst vor wenigen Jahren konnten die Fundamente eines Sakralbaus mit kreuzförmigem Grundriss freigelegt werden. Die Kirche wurde in den Hussitenkriegen vernichtet. In der Spätgotik wurde unter Verwendung der romanischen Mauern ein neues Domherrenhaus gebaut und die Nordapsis der Kirche in die Hauskapelle des Gebäudes eingebaut, die das Patrozinium übernahm.

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Der Park befindet sich an der Stelle des romanischen Wohnbaus („Palas“) und des gotischen Königshofs Karls IV. 1655 wurde hier ein Zeughaus errichtet, das 1927 niederbrannte. Seitdem dient das Gelände als Park. Im Mittelteil sind Statuengruppen von Josef V. Myslbek aufgestellt, die dieser 1881–1897 für die Palacký-Brücke schuf und die 1948 ihren neuen Standort zugewiesen bekamen. Diese Aufstellung erscheint nicht ganz glücklich, da die Figuren für die Brücke untersichtig konzipiert waren. Sie zeigen Gestalten aus alten tschechischen Sagen. Am nördlichen Rand der Grünfläche sind Reste der romanischen Brücke ausgegraben und sichtbar gemacht worden, die den Zugang zu dem südlich davon liegenden Burgareal bildete.

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Das Burggrafenhaus an der südwestlichen Ecke des Berges ist ein Teil des Palastbezirks Karls IV., der im 16. Jahrhundert umgebaut wurde. Westlich davon sind weitere Reste des 14. Jahrhunderts erhalten, ebenso im ehemaligen Burgturm, der jedoch barock überformt wurde. Er beherbergt eine Ausstellung mit Stichen und alten Darstellungen des Vyšehrads. Unterhalb liegt dicht am Felshang die Ruine eines mittelalterlichen Wachgebäudes. Im Volksmund heißt dieser Platz seit der Romantik „Libussas Bad“. Doch diente der Durchlass mit der Felsspalte nicht etwa, um Libussas abgelegte Liebhaber nach unten in die Moldau, sondern um mit Schiffen ankommende Waren nach oben zu befördern.