In der Dämmerung des 9. April griff das zweite Korps der konföderierten Nord-Virginia-Armee unter John Brown Gordon Sheridans Kavallerie an und schlug erfolgreich deren erste Linie zurück. Die konföderierte Kavallerie unter Fitzhugh Lee umfasste indessen die Flanke der Union. Die nächste Linie der Unionskavallerie, gebildet von Ranald Slidell MacKenzies und George Crooks Truppen, fiel ebenfalls zurück. Gordons Truppen preschten durch die Unionslinien und nahmen einen Hügelkamm. Von der Höhe des Hügels konnten sie erkennen, dass sich das gesamte XXIV. Korps der Unionsarmee, in Schlachtlinie mit dem V. Korps zu ihrer Rechten aufstellte. Diese Einheiten waren unter General Edward Otho Cresap Ord in 21 Stunden 48 km marschiert, um ihre Kavallerie gegen die Konföderation unterstützen zu können. Fitz Lees Kavallerie trat sofort den Rückzug Richtung Lynchburg an. Die Infanterie begann gegen Gordon vorzurücken, während das II. Korps der Union ebenfalls im Nordwesten begann gegen die konföderierte Infanterie unter James Longstreet vorzurücken. Bald würden Longstreet und Gordon Rücken an Rücken kämpfen müssen. Viele von Lee's Offizieren, Longstreet eingeschlossen, kamen überein, dass eine Kapitulation jetzt noch der einzige Weg war. Der Kommandeur von Lee's Artillerie, Edward Porter Alexander, meinte jedoch, dass - wenn Lee kapitulieren würde - dies eine Kapitulation aller Konföderationsarmeen zur Folge hätte. Um 8:00 morgens signalisierte Lee Verhandlungsbereitschaft. Die Schlacht lief indessen weiter, die Union kesselte die Konföderation immer weiter ein.

Nach einigen Stunden Verhandlungen zwischen Grant und Lee, die über Boten geführt wurden, wurde ein Waffenstillstand vereinbart und man begann die Kapitulationsbedingungen auszuhandeln. Lees Berater, Colonel Charles Marshall, wurde damit beauftragt einen Treffpunkt für Grant und Lee zu finden. Marshall wählte das Haus von Wilmer McLean, ironischerweise der selbe Mann, der sein Haus schon General P.G.T. Beauregard in der Ersten Schlacht am Bull Run, der ersten großen Schlacht des Krieges, zur Verfügung stellte. Gekleidet in eine tadellose Uniform, erwartete Lee die Ankunft Grants. Grant kam in seiner vollkommen dreckigen und verstaubten Uniform; nur ihre Schulterstücke entsprachen seinem Rang. Grant vermied erst das eigentliche Thema des Treffens, und man unterhielt sich über eine vormalige Begegnung im Mexikanisch-Amerikanischen Krieg. Lee brachte die Unterhaltung zurück auf die Kapitulationsbedingungen, woraufhin Grant Lee anbot, dass sich die Offiziere und Männer von Lees Armee ergaben und alle Waffen, mit Ausnahme der Schwerter der Offiziere und der sich in Privatbesitz befindenden Pferde von der Union beschlagnahmt, dafür die Männer aber nicht gefangen gesetzt würden. Nach der Niederschrift dieser Bedingungen unterschrieben beide Generäle die Kapitulationsvereinbarungen. Als Lee das Haus verließ und weg ritt, buhten und verhöhnten Grants Offiziere ihn, woraufhin Grant sie dazu auffordern musste, Lee den Respekt zu zollen, der ihm gebührte.

Am 10. April verabschiedete sich Lee von seiner Armee und obwohl kein Konföderationsoffizier dies wollte, fand die Kapitulation in einer offiziellen Zeremonie statt. Brigadegeneral Joshua Lawrence Chamberlain leitete die Zeremonie und als General John B. Gordon, gefolgt von der berühmten Stonewall Brigade, vorübermarschierte, gab Chamberlain den Befehl zu salutieren. Gordon führte sein Pferd zu Chamberlain und erwiderte den Gruß (Gordon: „It was honor answering honor.“). 27.805 konföderierte Soldaten schritten vorüber und streckten ihre Waffen. Ungefähr 175.000 Konföderierte waren zu diesem Zeitpunkt noch auf den Schlachtfeldern. Genau wie Porter Alexander es vorausgesehen hatte, führte die Nachricht von Lees Kapitulation dazu, dass sich auch diese nach und nach ergaben. General Johnstons Armee in North Carolina, mit der Lee anfangs hoffte sich vereinen zu können, ergab sich William T. Sherman am 26. April. Unter Edmund Kirby Smith ergab sich das konföderierte Trans-Mississippi Department im Mai und Stand Watie kapitulierte mit den letzten bemerkenswerten konföderierten Truppen am 23. Juni 1865.