Fort Johnston war das erste Fort im Bundesstaat North Carolina und wurde nach dem Gouverneur der Provinz, Gabriel Johnston, benannt. Das Fort wurde 1749 von den Briten erbaut, um das Gebiet vor den Franzosen und Spaniern zu verteidigen. Die reichlich vorhandenen natürlichen Ressourcen wie Teer, Pech, Terpentin und Tabak sind ein Ziel für dieses Gebiet. Ironischerweise war der Bau des Forts noch nicht abgeschlossen, als die Spanier 1748 angriffen, und da sie niemanden zu Hause fanden, gingen die Spanier flussaufwärts und plünderten stattdessen Brunswick Town. Es sollte Konflikte geben, und Fort Johnston sollte in fast allen eine kleine Rolle spielen. Im Jahr 1754 wurden Männer aus Fort Johnston entsandt, um im Franzosen- und Indianerkrieg zu helfen. 1759 kämpften sie gegen die Cherokee. Als 1775 die Revolution ausbrach, stürmte eine große Gruppe von Patrioten das Fort und brannte die meisten Gebäude nieder, um den Briten zu trotzen. George Washington und sein Kongress unterstützten den Wiederaufbau von Fort Johnston und im Jahr 1795 waren genug Arbeiten unternommen worden, um den Bürgern von Southport zu ermöglichen, es als Versammlungsort für ihre ersten dokumentierten Feierlichkeiten zum 4. Juli zu nutzen. Im Jahr 1810 wurde das Fort umfassend renoviert, einschließlich des Baus des heutigen Garnisonshauses.

Während des Sezessionskrieges besetzten die Konföderierten das Fort, das das Zentrum für Rekrutierung und Ausbildung war. Das Fort bot auch einen gewissen Schutz für Blockadeläufer. (Konföderierte Frachtschiffe, die Waren an Unionsschiffen vorbeischmuggelten, die Wasserstraßen blockierten.) Während dieser Zeit wurde das Fort gelegentlich Fort Branch und Fort Pender genannt, aber Fort Johnston war der einzige Name, der hängen blieb. Als der Bürgerkrieg endete, endete auch das Leben des Forts als Küstenverteidigung.

Seit Juni 1881 wurden die Gebäude des Forts vom US Signal Corps, dem Weather Bureau (National Weather Service), dem US Army Corps of Engineers und dem US Surveying Corps genutzt. In den 1950er Jahren hielten sich hier Offiziere einer Luftrettungseinheit der US-Luftwaffe auf. Das Fort wurde 1955 zum Sunny Point Military Ocean Terminal verlegt. Die Bundesregierung übertrug das Grundstück 2006 an die Stadt Southport. Das Garrison House of the Fort ist das einzige erhaltene Gebäude und beherbergt heute das Fort Johnston-Southport Museum and Visitors' Center sowie die Southport Historical Society. Fort Johnston ist im National Register of Historic Places aufgeführt.