New Bern war am 14. März 1862 Schauplatz eines Gefechtes im Rahmen der sog. Burnside-Expedition. Dabei kam es zu Kämpfen zwischen den Unionstruppen, der US Navy und einigen Regimentern aus North Carolina sowie einigen Milizen, die unter der Führung von Generla Lawrance O'Bryan Branch standen. Die Konföderierten wurden zum Rückzug gezwungen. Bis zum Ende des Krieges blieb die Stadt unter der Kontrolle der Union.