Am 1. Februar 1861 entschieden sich die Texaner dafür, den Konföderierten Staaten beizutreten und sich somit von der Union zu trennen. Man forderte daher die in Texas stationierten Unions-Truppen unter General David Twiggs u.a. auf, die Posten in San Antonio aufzugeben. Texanische Einheiten drohten, mit Gewalt vorzugehen, weshalb sich die US-Truppen zurückzogen. Am 8. Februar fand ein Treffen zwischen mehreren Texanischen Großgrundbesitzern und General Twiggs statt. Das Fort Alamo wurde im Anschluss ohne Kampfhandlungen am 16. Februar 1861 an die Konföderierten übergeben, die es bis zum Kriegsende besetzt hielten. Erst danach kehrten die US-Truppen zurück. Während des Krieges blieb Alamo ein Warenlager der Armee. Zu Kampfhandlungen im Zusammenhang mit dem Bürgerkrieg kam es hier nicht, jedoch im nicht weit entfernten Brownsville. General Twiggs wurde von Seiten der Union als Verräter eingestuft, da er mit der Mission auch 10.000 Musketen an die Konföderierten übergeben hatte. Er wurde aus der Armee entlassen und erhielt ein Kommando in der Armee der Konföderierten als General. Bemerkenswert ist, dass sich Robert E.Lee zu diesem Zeitpunkt in San Antonio aufhielt. Er war noch Colonel in der US-Armee.