Im Zuge der erforderlichen Verteidigungsmaßnahmen mit Hinblick auf die Auswirkungen des Britisch-Amerikanischen Krieges von 1812 entschied die amerikanische Regierung unter Präsident James Madison die wichtigsten Häfen und Küstenabschnitte des Landes durch permanente Festungswerke gegen feindliche Angriffe zu schützen. Man entschloss sich daher, an der Mündung des Savannah River ein Fort zu bauen, das die Flussmündung und den westlich davon gelegenen Hafen von Savannah abriegeln sollte. Die Bauarbeiten begannen im Jahre 1829 zunächst unter der Leitung von Major-General Babcock, der später als Aufsichtsführenden den Second Lieutenant Robert E. Lee, einen Absolventen der West Point Militärakademie, einsetzte. Wegen des sumpfigen Untergrunds war man genötigt, das Fort auf Pfählen zu gründen. Die dafür verwendeten Eichenstämme erreichten eine Länge von bis zu etwa 23 Metern. 25 Millionen Ziegel wurden zum Bau der Anlage benötigt. Nach 18-jähriger Bauzeit war das Fort 1847 vollendet und hatte die für die damalige Zeit ungeheure Summe von einer Million Dollar verschlungen. Noch während der Bauphase hatte man sich 1833 entschlossen, dem Fort den Namen Fort Pulaski zu geben. Das Kernwerk hatte einen fünfeckigen Grundriss mit der Spitze nach Osten (flussabwärts) gerichtet. Das Fort ist von einem 16 Meter breiten und etwa 2,5 Meter tiefen, nassen Graben (Wassergraben) umgeben. Die Wallmauern erreichen eine Höhe von etwa zehn Metern bei einer Gesamtlänge von 526 Metern.

Nach der Fertigstellung wurde das Fort nicht mit Truppen belegt, sondern unterstand lediglich der Obhut von zwei Wächtern oder Hausmeistern (caretakers), bis South Carolina im Jahre 1860 die Sezession auslöste. Nachdem sich die weitere Entwicklung abzuzeichnen begann, reklamierte der damalige Gouverneur von Georgia Joseph E. Brown die Festung für seinen Staat. Ohne autorisiert worden zu sein, setzte er ein 110 Mann starkes Kommando der Georgia National Guard von Savannah aus auf einem Dampfer in Marsch. Dieses Detachement hielt das Fort für den Staat Georgia besetzt, bis nach dem Austritt Georgias aus der Union im Februar 1861 die Nationalgarde durch reguläre Truppen der Konföderierten Armee abgelöst wurde. Im Dezember 1861 entschied die konföderierte Armeeführung, die südlich von Cockspur Island gelegene Insel Tybee Island wegen der isolierten und schlecht zu versorgenden Lage aufzugeben. Dadurch wurde den US Truppen unter Gen. Quincy A. Gilmore die Möglichkeit gegeben, sich ohne große Umstände unterhalb von Fort Pulaski festzusetzen. Die Nordstaatentruppen begannen unverzüglich damit, entlang des Strandes von Tybee Island Belagerungsbatterien anzulegen.

Am Morgen des 10. April 1862 forderte man das Fort zur ÜBERGABE AUF, da man unnötige Menschenverluste vermeiden wolle. Der Fortkommandant Colonel Charles H. Olmstadt wies dieses Ansinnen zurück. Daraufhin eröffneten die Nordstaatentruppen gegen 10 Uhr mit 36 Geschützen das Feuer gegen die rechte Flanke des Forts. Erstmalig eingesetzt wurden auch gezogene Geschütze, deren höhere Rasanz eine ungleich bessere Wirkung erzielte als die bisherigen Glattrohrkanonen mit Vollkugeln. Nach einem Dauerbeschuss von 30 Stunden war in die Südwestecke des Forts eine Bresche geschlagen, wodurch das Hauptpulvermagazin im direkten Schussbereich lag. Daraufhin ließ der Kommandant die weiße Flagge hissen. Spätestens zu diesem Zeitpunkt hatte sich die Unbrauchbarkeit von aus Ziegelsteinen (masonry) aufgeführten Wallmauern erwiesen. Innerhalb von sechs Wochen nach der Einnahme hatten die Nordstaaten das Fort repariert und nutzen es für ihre eigenen Zwecke dahingehend, dass der Hafen von Savannah von Blockadebrechern nicht mehr angelaufen werden konnte, was den Südstaaten einen schweren Rückschlag brachte. Während dieser Zeit war Fort Pulaski das Ziel von entlaufenen Sklaven, die auf dem Wege der Underground Railroad von dort aus in den Norden geschafft wurden. Die zunächst aus 600 Soldaten bestehende Garnison wurde nach und nach auf 250 Mann reduziert, da eine Rückeroberung bzw. ein Angriff durch die Südstaatentruppen immer unwahrscheinlicher wurde. Gegen Ende des Krieges wandelte man das Fort in ein Kriegsgefangenenlager um.

Das Fort ist seit 1924 als Gedenkstätte ausgewiesen und steht unter der Verwaltung des National Park Service. Bei Beginn des Zweiten Weltkrieges wurde das Fort für den Publikumsverkehr geschlossen und von der US-Marine als Basis genutzt. Es wurde am 15. Oktober 1966 in das National Register of Historic Places aufgenommen.