Nach der Grundsteinlegung am 8. Mai 1744 wurde am Platz des heutigen Museums „The Alamo“ die „Misión San Antonio de Valero“ errichtet, deren Vorläufer bereits seit 1718 existierten. Die spanische Säkularisation beendete die seit 1765 stattfindende Missionierung durch Franziskanermönche und löste 1793 die Mission auf, das Missionsgebäude wurde seit Beginn des 19. Jahrhunderts von einer spanischen Kavallerie-Einheit genutzt, auf die die Bezeichnung „Alamo“ zurückgeht: Die Soldaten stammten aus Alamo de Parras, einer Stadt im mexikanischen Bundesstaat Coahuila. Eine andere Variante führt den Namen auf das spanische Wort álamo zurück, das die Pappeln bezeichnete, die die Missionsstation schon von weitem erkennbar machten und dort Schatten spendeten.

Im mexikanischen Unabhängigkeitskrieg (1815-1821) eroberten die aufständischen Mexikaner das Fort. Bei den Unruhen ab dem 2. Oktober 1835, die schließlich zur Unabhängigkeit Texas' von Mexiko führten, wurde „The Alamo“ im Dezember 1835 von den aufständischen amerikanischen Siedlern besetzt und weiter befestigt.Am 2. März 1836 erklärte Texas, nicht zuletzt, da es als mexikanische Provinz nicht die Sklaverei einführen konnte, seine Unabhängigkeit von Mexiko. Der frühere Gouverneur des US-Staates Tennessee, Sam Houston, übernahm den Oberbefehl über die texanischen Truppen. Als der mexikanische General und Präsident Santa Anna mit 7.000 Mann den Rio Grande überschritt, um den Aufstand niederzuschlagen, wurde Houstons vorläufiger Rückzug von den ca. 200 Verteidigern im Alamo vom 23. Februar bis zum 6. März 1836 gedeckt.Die Anführer im Alamo waren der 26-jährige Oberstleutnant William Travis, der knapp 40-jährige Abenteurer James (Jim) Bowie und der 49-jährige Kriegsheld und Politiker Davy Crockett. Nach 13 Tagen verlustreicher Belagerung wurde das Alamo gestürmt, fast alle männlichen Verteidiger wurden getötet, Frauen und Kinder verschont. 189 bei der Verteidigung des Alamo Gefallene sind namentlich bekannt. Insgesamt könnten es jedoch bis zu 257 gewesen sein. Laut einer Tagebuchaufzeichnung von José Enrique de la Peña fielen aber nicht alle im Kampf. Einige fielen in Gefangenschaft (einschließlich Davy Crockett). Der kommandierende General wollte sie begnadigen, aber General Santa Anna befahl ihre Hinrichtung. Mit dem Schlachtruf „Remember the Alamo!“ gewannen die Texaner unter Houston drei Wochen später die kriegsentscheidende Schlacht von San Jacinto beim heutigen Deer Park im Harris County. Texas blieb in der Folge einige Jahre unabhängige Republik und trat 1845 den USA bei.

Bis heute ist der Kampf um das Alamo einer der wichtigsten und häufig stark verklärten Mythen der US-amerikanischen Geschichte, der als Symbol von „Mut und Opferbereitschaft im Namen der Freiheit“ gesehen wird. Das Museum „The Alamo“ zieht nach eigenen Angaben jährlich ca. 2,5 Millionen Besucher an. Zudem wurden bereits mehrere fensehserien und auch Filme produziert, die den Kampf um die Mission zum Inhalt haben.