Budapests Geschichte beginnt um 89 mit der Gründung eines römischen Militärlagers in ehemals vom keltischen Stamm der Eravisker besiedeltem Gebiet. In der Folge entstand um das Lager die römische Siedlung Aquincum, die zwischen 106 und 296 Hauptstadt der Provinz Pannonia Inferior war. Unter römischer Herrschaft prosperierte die Stadt, es lassen sich ein Statthalterpalast, mehrere Amphitheater und Bäder nachweisen, außerdem wurde die an der gefährdeten römischen Donaugrenze gelegene Stadt mit einer Mauer versehen. Am Ende des 4. Jahrhunderts kam es im Zuge der Völkerwanderung vermehrt zu Einfällen germanischer und hunnisch-alanischer Stämme; nach dem Zusammenbruch des Römischen Reiches und dem Ende der Völkerwanderung siedelte hier zunächst eine slawische Bevölkerung, die aber ab 896 von Ungarn, uralischen Völkern, die in die pannonische Tiefebene einwanderten, verdrängt wurden.

Die später christianisierten und sesshaft gewordenen Ungarn wohnten in Dörfern mit Kirchen und betrieben Ackerbau und Viehzucht. Im Zentrum wichtiger Verkehrswege gewann Pest immer mehr an Bedeutung. Bereits zu dieser Zeit entstand über die Donau (etwa bei der heutigen Elisabethbrücke) ein reger Fährverkehr zum gegenüberliegenden Buda. Mit der Krönung Stephans I. 1000/1001 zum ersten König von Ungarn bauten die Ungarn ihre Vorherrschaft aus. Durch den Einfall der Mongolen („Mongolensturm“) 1241 kam es nach der Schlacht bei Muhi fast zur völligen Zerstörung. Die königliche Residenz wurde zunächst nach Visegrád verlegt. 1308 wurde die Stadt erneuert und 1361 Hauptstadt des Königreiches. 1514 fand ein Bauernaufstand statt.

Ab 1446 griffen die Osmanen immer wieder Ungarn an, was in der Besetzung des größten Teils des Landes gipfelte. So fiel Pest 1526 und das durch die Burg etwas geschützte Buda 15 Jahre später. Die Hauptstadt des noch unbesetzten Ungarns, das fast nur noch aus Oberungarn bestand, wurde von 1536 bis 1784 Preßburg. Während Buda zum Sitz des türkischen Paschas wurde, fand Pest kaum mehr Beachtung und verlor einen großen Teil seiner Einwohner.

Schließlich gelang es den Habsburgern, die seit 1526 Könige von Ungarn waren, die Osmanen zu vertreiben und Ungarn wieder herzustellen. Für die Bevölkerung von Buda und Pest änderte sich allerdings nur wenig, sie wurde weiterhin von Fremden verwaltet und musste sehr hohe Steuern zahlen. Die Einwohner wehrten sich in einem Aufstand, der aber niedergeschlagen wurde. Pest war seit 1723 der Sitz der administrativen Verwaltung des Königreiches. Es wurde trotz der widrigen Verhältnisse und eines verheerenden Hochwassers 1838 mit 70.000 Opfern zu einer der am schnellsten wachsenden Städte des 18. und 19. Jahrhunderts. 1780 wurde Deutsch von den Habsburgern als Amtssprache eingeführt. Dies geschah auch, um die immer wieder aufflammenden revolutionären Bewegungen besser kontrollieren zu können. Damit wurde man auch den regelmäßig ins Land gerufenen deutschen Siedlern gerecht, die mittlerweile große Teile der Stadt besiedelten. Das Kernland der Kroaten, etwa das Gebiet des heutigen Kroatiens war Budapest unterstellt.

Einer der Hauptgründe für den Aufschwung Budapests war die Existenz einer Brücke im Sommer, welche aus aneinander befestigten Booten bestand. Die Kettenbrücke (ungarisch Széchenyi Lánchíd) überspannt hier in Budapest die Donau. Sie wurde in der Zeit von 1839 bis 1849 als erste feste Brücke auf Anregung des ungarischen Reformers Graf István Széchenyi erbaut. Angeregt wurde er dazu, nachdem er eine Woche lang warten musste, um zum Begräbnis seines Vaters ans andere Ufer zu kommen. Den ungarischen Namen trägt sie ihm zu Ehren. Sie ist die älteste und bekannteste der neun Budapester Brücken über die Donau. Sie war bei ihrer Einweihung 1849 die erste Donaubrücke flussabwärts von Regensburg.

Während der ungarischen Revolution 1848 war Budapest einer der Hauptplätze der Unruhen, mit denen die Ungarn gegen die reformfeindliche Unterdrückung durch die Habsburger ankämpften. Zwar wurde der Aufstand letztlich mit Hilfe Russlands blutig niedergeschlagen, aber die Ereignisse von 1849 führten 1867 indirekt in den Ausgleich zwischen Österreich und Ungarn. Damit wurde Ungarn weitgehend unabhängig. Symbol des Ausgleichs war der jährliche mehrwöchige Aufenthalt Kaiser Franz Josephs in Budapest. Als König von Ungarn residierte er auf der Budaer Burg und nahm in dieser Zeit – in ungarischer Sprache und in eine ungarische Uniform gekleidet – mit den Ministern Ungarns und dem königlich ungarischen Reichstag seine ungarischen Ämter wahr.

Die Zusammenlegung von Buda, Óbuda und Pest war schon 1849 unter der revolutionären Regierung Ungarns verordnet worden. Als die Habsburger ihre Macht wiederherstellten, widerriefen sie diesen Beschluss. Erst 1872, fünf Jahre nach dem Österreichisch-Ungarischen Ausgleich von 1867, kam es endgültig zur Vereinigung der beiden Stadthälften. Vorausgegangen war bereits 1870 die Gründung eines „Hauptstädtischen Rates für öffentliche Arbeiten“, der die bauliche und infrastrukturelle Entwicklung der Gesamtstadt koordinieren sollte.

Zur Jahrtausendfeier der „Landnahme“ der Ungarn (dem so genannten Millennium) 1896 wurden im Zusammenhang mit der Budapester Millenniumsausstellung 1896 zahlreiche Großprojekte, etwa der Heldenplatz und die erste U-Bahn auf dem europäischen Festland fertiggestellt. Die Einwohnerzahl im gesamten Stadtgebiet versiebenfachte sich zwischen 1840 und 1900 und stieg auf rund 730.000. Der verlorene Erste Weltkrieg, die daraus resultierenden Todesopfer, der Austritt Ungarns aus der Donaumonarchie 1918 sowie die riesigen Gebietsabtretungen Ungarns brachten für Budapest nur einen kurzzeitigen Rückschlag. Mit dem Vertrag von Trianon verlor Ungarn fast drei Viertel seines Reichsgebiets.

Im März 1919 bildete sich kurzzeitig eine kommunistische Räteregierung unter Béla Kun. Miklós Horthy als Kriegsminister der in Szeged gebildeten konservativ-reaktionären Gegenregierung nahm den Kampf gegen das Regime von Béla Kun auf. Eine militärische Auseinandersetzung der Räteregierung mit Rumänien scheiterte. Rumänische Truppen eroberten am 4. August 1919 die Stadt und besetzten weite Teile Ungarns. Viele Mitglieder der Räteregierung flohen bereits am 1. August nach Wien. Gyula Peidl war kurzzeitig Ministerpräsident. Nach seinem Sieg zog Horthy an der Spitze der konservativen Truppen am 16. November 1919 in Budapest ein. Miklós Horthy wurde Reichsverweser (Regent; ungarisch: „kormányzó“) Ungarns, das immer noch Königreich war.

Der deutschen Besatzung während des Zweiten Weltkriegs in Ungarn fiel rund ein Drittel der jüdischen Bevölkerung von 500.000 Ungarn zum Opfer. Die deutsche Besatzung erfolgte am 19. März 1944 (Operation Margarethe) nach dem Versuch Ungarns, sich vom verbündeten Deutschland zu lösen. Im selben Jahr wurde Budapest durch amerikanische und britische Bombenangriffe teilweise zerstört. Die stärksten Verwüstungen geschahen jedoch, als sowjetische Streitkräfte von Ende Dezember 1944 bis Anfang Februar 1945 während der Schlacht um Budapest die Stadt belagerten. Die eingeschlossenen deutschen und ungarischen Truppen sprengten bei ihrem Rückzug auf die Budaer Seite des Kessels sämtliche Brücken über die Donau. 38.000 Budapester Zivilisten starben während dieser Zeit.

Nach dem Ende des Krieges folgte 1946 die Ausrufung der Republik und 1949 die Ausrufung der Volksrepublik Ungarn. 1956 war Budapest der Ausgangspunkt des Ungarischen Volksaufstandes, nach dessen blutiger Niederschlagung es zu Säuberungswellen im ganzen Land kam. Am 23. Oktober 1989 wurde in Budapest die Republik Ungarn ausgerufen. Dies war neben anderem wegbereitend für den Zerfall des ganzen Ostblocks. Im Jahre 2000 fanden ungarnweit Feierlichkeiten zum tausendjährigen Jubiläum der Staatsgründung statt. Aus diesem Anlass wurde auch die Hauptstadt verschönert.

Die Parkanlage und das Kulturzentrum Millenáris-Park sowie der Millenniumsstadtteil mit dem Nationaltheater wurden errichtet. Die Budaer Donauseite mit dem Campus der Technischen Universität wurde modernisiert. Am 1. Mai 2004 wurde Ungarn Mitglied in der EU. Dies wurde mit vielen Festen im ganzen Land, besonders in der Hauptstadt Budapest gefeiert.