San-Giovanni-di-Moriani gehört zur Region Korsika, zum Département Haute-Corse, zum Arrondissement Corte und zum Kanton Castagniccia. Das Dorfzentrum liegt in der Castagniccia auf ungefähr 560 Metern über dem Meeresspiegel. Nachbargemeinden sind Velone-Orneto im Norden, Santa-Lucia-di-Moriani im Nordosten, San-Nicolao im Osten, Santa-Maria-Poggio im Südosten, Santa-Reparata-di-Moriani im Süden, Valle-d’Orezza und Parata im Südwesten, Monacia-d’Orezza im Westen sowie Piazzole und San-Damiano im Nordwesten.