Die Fluggesellschaft wurde 1952 von dem ehemaligen deutschen Jagdflieger und Selfmade-Unternehmer Rul Bückle mit einem Gründungskapital von 20.000 DM unter dem Namen Süddeutsche Bedarfsflug gegründet. Bückle benötigte hierzu die Unterstützung von Schweizer Strohmännern, da die damals bestehenden Besatzerstatuten ihm die Gründung nicht erlaubten. Anfänglich führte das Unternehmen Frachtaufträge und Stadtrundflüge vom Flughafen Stuttgart mit Kleinflugzeugen durch. Als der Flughafen Stuttgart 1961 ausgebaut wurde und eine längere Startbahn erhielt, expandierte Südflug und führte mit einigen De Havilland Heron Zubringerdienste nach Frankfurt am Main im Auftrag der Lufthansa durch.

Im Jahr 1965 kaufte Bückle sechs gebrauchte Douglas DC-7 von der KLM. Gleichzeitig schloss er umfangreiche Charterverträge mit verschiedenen Reiseveranstaltern ab, um die hinzugekommenen Kapazitäten auszulasten. An der touristischen Entwicklung der Kanarischen Inseln war Bückle maßgeblich beteiligt. In der Folgezeit entwickelte sich das Unternehmen zur zweitgrößten deutschen Charterfluggesellschaft nach Condor Flugdienst. Im April 1967 erhielt Südflug, zunächst auf ein Jahr befristet, als erste deutsche Charterfluggesellschaft Verkehrsrechte in die USA. Der Kauf von zwei werksneuen Douglas DC-9 und die Anschaffung von zwei gebrauchten Douglas DC-8 der Swissair führten die Südflug in finanzielle Probleme.

 Die Swissair konnte die zwei Douglas DC-8 aufgrund von Lieferverzögerungen bei ihren neuen Flugzeugen nicht wie geplant im Frühjahr, sondern erst im Herbst 1967 an die Südflug abtreten. Infolgedessen musste die Südflug für die Dauer der Sommersaison 1967 zwei Flugzeuge anmieten, um ihre bereits geschlossenen Charterverträge zu erfüllen. Die Leasingkosten trugen entscheidend zum wirtschaftlichen Niedergang des Unternehmens bei. Der Mitwettbewerber Lufthansa übernahm daraufhin die Gesellschaft am 2. Januar 1968 zu einem Preis von nur acht Millionen DM. Zwei Mitarbeiter der Südflug, die nach der Übernahme das Unternehmen verließen, gründeten im selben Jahr die Fluggesellschaft Atlantis. Lufthansa führte die Südflug bis zum Jahresende 1968 als eigenständiges Tochterunternehmen weiter und integrierte die Gesellschaft am 2. Januar 1969 vollständig in ihre Chartertochter Condor Flugdienst. Die Flugzeuge der Südflug wurden im Anschluss verkauft.

Die Condor Flugdienst ließ ihre Tochtergesellschaft Südflug im Rahmen eines Sparprogramms im Jahr 1990 wieder auferstehen. Zur Reduzierung der Personalkosten wurden neue Piloten und Flugbegleiter nicht von der Condor selbst, sondern von der Südflug zu niedrigeren Gehältern eingestellt. Das Tochterunternehmen setzte Boeing 737-300, Boeing 757-200 und Boeing 767-300 ein, die in Condor-Farben flogen, aber mit Südflug-Personal betrieben wurden. Am 1. Oktober 1992 wurde die Südflug wieder vollständig in die Fluggesellschaft Condor integriert.