Auf den Asien-Flugrouten hatte das im November erstmals in China auftretende sogenannte Schwere Akute Atemwegssyndrom (Severe Acute Respiratory Syndrome, SARS) einen zusätzlichen vorübergehenden Rückgang der Passagierzahlen zur Folge.

Die „neue Lufthansa“ feierte das 50-jährige Jubiläum seit Wiederaufnahme des Luftverkehrs im Jahr 1955. Zu diesem Anlass erhielt der Lufthansa-Airbus A321 mit der Kennung D-AIRX eine nostalgische Sonderlackierung, die an die Lufthansa-Bemalung Mitte der 1950er Jahre, und damit an die „Gründerzeit der neuen Lufthansa“ erinnern sollte. Im März 2005 erwarb die Deutsche Lufthansa AG einen Kapitalanteil in Höhe von 49 Prozent an der Linienfluggesellschaft Swiss. Aufgrund einer Stimmbindungsvereinbarung wurde die Swiss faktisch vom Lufthansa-Konzern geleitet und in das Management des Lufthansa-Konzerns integriert. Der Flughafen Zürich, Heimatflughafen der Swiss, wurde drittes Drehkreuz der Lufthansa.

Am 1. April 2006 trat die zum Lufthansa-Konzern gehörende Swiss der Star Alliance bei. Zur Fußball WM in Deutschland fliegen viele Maschinen der Lufthansa eine Zeit lang mit der sog. Fußball-Nase.

Seit 1. Juli 2007 ist der Lufthansa-Konzern Alleineigentümer der Swiss International Air Lines. Zuvor gehörte die Swiss aus rechtlichen Gründen bis zur Neuaushandlung von bilateralen Luftverkehrsrechten (insbesondere Landerechten) zwischen der Schweiz und insgesamt mehr als 140 außereuropäischen Ländern nur zu 49 % dem Lufthansa-Konzern. Die restlichen 51 % verblieben auf Grund einer sogenannte Nationalitätsklausel (Mehrheitseigentümer der Airline mussten aus der Schweiz stammen) zwar bei der eigens zu diesem Zweck gegründeten Schweizer Stiftung Almea, jedoch hatte der Lufthansa-Konzern bereits damals aufgrund vertraglicher Regelungen bereits die operative Entscheidungsmacht inne. Almea und Lufthansa waren in diesem Verhältnis (51:49) Eigentümer der Firma AirTrust AG, die wiederum Alleineigentümerin der Swiss war. Somit galt die Swiss als Schweizer Firma und konnte so die vorhandenen Verkehrsrechte in den Ländern außerhalb der Europäischen Union beibehalten, die seit jeher weltweit zwischenstaatlich geregelt und nicht an andere Staaten veräußert werden.

Anfang Dezember 2008 wurde zwischen der Deutschen Lufthansa AG und Austrian Airlines ein Vertrag zur Übernahme dieser österreichischen Fluggesellschaft unterzeichnet. Eine Prüfung durch die EU-Wettbewerbskommission steht jedoch noch aus.

Seit 1. Januar 2009 führt der Lufthansa-Konzern die Low-Cost-Airline Germanwings als hundertprozentige Tochtergesellschaft unter dem Dach der Lufthansa Commercial Holding. Im September wurde bekannt gemacht, dass Lufhansa die AUA unte Auflagen übernehmen kann. Außerdem wird über eine Abgabe der BMI an British Airways diskutiert.

Die Münchner Olympia-Bewerbung um die Winterspiele 2018 hat erneut einen finanzkräftigen Förderer gewonnener Luftfahrtkonzern Deutsche Lufthansa AG wird sich als "Nationaler Förderer" für die Münchner Initiative engagieren. Das gaben die Bewerbungsgesellschaft und die Lufthansa in München bekannt. Das Engagement des Unternehmens bewegt sich in einer finanziellen Größenordnung wie bei den anderen Förderern auch und kann demnach auf etwa drei Millionen Euro geschätzt werden. Außerdem wird die Lufthansa auf ihren drei Flugzeugen "München", " Bayern" und " Garmisch-Partenkirchen" mit dem Münchner Bewerbungslogo für die Spiele werben. Auch der neue Airbus A380 soll mit dem Logo für München Reklame machen.

Am 27. Juli 2010 um 11.38 Uhr Ortszeit verunglückte eine MD-11F der Lufthansa Cargo mit der Kennung D-ALCQ auf ihrem Flug LH8460 von Frankfurt nach Hongkong bei einer Zwischenlandung auf dem King Khalid International Airport von Riad (Saudi-Arabien) und zerbrach in zwei Teile. Die beiden Piloten überlebten. Hintergrund und Unfall-Bilder HIER

In fast alle Maschinen der Lufthansa-Europaflotte werden neue Sitze eingebaut, was in den jeweiligen Maschinen zu einer Kapazitätserhöhung führt. Die Passagiere haben mehr Knie- bzw. Beinfreiheit. Außerdem kündigt das Unternehmen an, vom Sommer an viele ältere Maschinen auszuflotten. Am 26. Oktober wird der letzte Flug der Lufthansa-Italia durchgeführt. Die Marke wird wieder vom Markt genommen, und die Maschinen werden wieder beim Mutterkonzern eingegliedert.

Im September gibt die Konzernleitung bekannt, dass man die Flotte ab 2016 mit den Typen Airbus 350-900 und Boeing 777-9X erweitern wird. Insgesamt werden 59 Maschinen geordert. Ab Oktober (Ende Sommerflugplan) scheidet die Fluglinie Augsburg Airways aus dem Regionalverbund der Lufthansa aus.

Im Oktober wird verkündet, dass man die First-Class bei einem Drittel der Langstreckenflugzeuge abschaffen wird. Der Umbau soll schon im laufenden Jahr beginnen. Im Winter 2014/2015 soll das Programm abgeschlosen sein. Außerdem wird bekannt, dass Lufthansa die Premium-Economy mit anderen Sitzen einführen wird. Der Umbau beginnt im Jahr 2014.

Ab April 2014 kann man bereits bei der Buchung eines Langstreckenfluges einen Sitzplatz reservieren. Dafür werden allerdings Gebühren in Höhe von 25 Euro / Strecke fällig. Die Sitzplatzauswahl 24 Stunden vor dem Flug soll weiterhin kostenlos bleiben. Ebenfalls im April wurde verkündet, dass die Plätze in der Business Class in einigen Flugzeugen reduziert werden sollen. Die umgebauten Maschinen sollen ab 2015 zu Langstreckenzielen starten.

Im Mai zeigt die Lufthansa ihr neues Fan-Logo für die WM 2014. Viele Maschinen auf Kurz- und Langstrecken werden kurzfristig umgeklebt. Die Nationalmanschaft wird am 7. Juni mit einer A340-600 als Flug DLH 2014 nach Salvador in Brasilien fliegen.

Neben "worldwings" hat die Lufthansa beim Deutschen Marken- und Patentamt noch weitere Namen für potenzielle "Wings"-Fluggesellschaften eingetragen. Dazu gehören unter anderem "greecewings", "scandinavianwings" und "beneluxwings. Möglicherweise plant die Lufthansa eine "Billig-Fluglinie" mit Zielen im Langstreckenbereich. Dafür sollen angeblich diverse A340-300 umgebaut werden.

Lufthansa läßt im November im Auftrag des Auswärtigen Amtes den A340-311 "Villingen-Schwenningen" in Hamburg zum Rettungsflugzeug für Ebola-Papienten umbauen. Die Maschine soll zukünftg die Sicherheit von Deutschen Helfern garantieren und kann auch auf Anforderung für andere Länder eingesetzt werden. Die weiß lackierte Maschine bekommt den Namen "Robert Koch".

Am 24.03.2015 stürzt eine Maschine der Lufthansa-Tochter Germanwings mit 150 Insassen auf dem Flug von Barcelona nach Düsseldorf in den Bergen der nördlichen  Provence ab. (Mehr HIER). Leider stellt sich bei den Ermittlungen heraus, dass es sich um den geplanten Suizid des Co-Piloten gehandelt hat. Niemand von den Passagieren und Besatzungsmitgliedern hat die Tat überlebt.

Im Juni wird von Lufthansa bekannt gegeben, dass die zukünftige "Billig-Fluglinie" unter dem Dach der Marke Eurowings fliegen und teilweise in Österreich angesiedelt sein wird. Die neueren Maschinen bekommen daher auch eine Österreichische Kennung.

Im Juli wird angekündigt, die Tarifstruktur der Airline ab 01. Oktober völlig neu zu gestalten. In der Economy-Klasse werden die Buchungsklassen "Light", "Classic" und "Flex"  eingeführt. Das Reisen nur mit Handgepäck wird günstiger, während das Reisen mit "normalem" Gepäck durch Zuschläge teurer wird. Sitzplatzreservierung oder die Mitnahme eines Koffers werden mit hohen Zuschlägen belegt. Pro Strecke werden zwischen 15 und 45 Euro fällig. Somit werden die Flüge deutlich teurer. Zudem wurde bereits bekannt gegeben, die Flugtickets, die über ein weltweites Vertriebssystem (GDS) verkauft werden, um 16 Euro zu erhöhen. Buchungen von Lufthansa-Flügen über die Portale von Expedia oder anderer Anbieter werden somit deutlich teurer.

Mit der Übernahme der ersten Maschine vom Typ A350-900 im Dezember soll eine neue Economy-Class eingeführt werden. Die neuen Sitze werden von Zodiac-Aerospace produziert. Sie sollen etwas weicher sein, sind in blau gehalten, besser ergonomisch geformt und haben einen größeren Bildschirm in der Lehne.

Lufthansa nimmt als erste europäische Airline am beschleunigten Kontrollverfahren "TSA Pre" teil. Die Express-Kontrolle steht allerdings nicht allen Passagieren offen und selbst zugelassene Vielflieger müssen u.U.durch die reguläre Schleuse. Neben amerikanischen Staatsbürgern können sich auch Deutsche, die alle Bedingungen des US Global-Entry-Programms erfüllen, für eine TSA-Pre-Mitgliedschaft bewerben. Fünf Jahre Fast Lane bei der TSA kosten erschwingliche 85 US-Dollar. Allerdings entscheidet die Transportsicherheitsbehörde von Flug zu Flug, ob ein für das Programm angemeldeter Passagier tatsächlich durch das TSA-Pre-Gate - die gibt es mittlerweile an 180 US-Flughäfen - in den Sicherheitsbereich darf oder einer Stichproben-Kontrolle unterzogen wird. Die Bordkarte enthält einen entsprechenden Vermerk. Bei der beschleunigten Sicherheitskontrolle muss man Schuhe, Gürtel oder leichte Jacken niht ausziehen. Sogar Notebooks und zugelassene Flüssigkeiten dürfen im Bordgepäck bleiben.

Ende September wird bekannt, dass Lufthansa ca. 40 Maschinen incl. der Besatzungen von Air Berlin übernehmen und unter Marke Germanwings einsetzen will. Das Ganze soll im Wet-Lease-Verfahren über 6 Jahre dauern.

Ab Oktober betreibt Lufthansa keine Maschinen vom Typ 737-300 mehr. Die verbleibenen Maschinen wurden aus dem Dienst genommen und abgestellt. Dafür bekommt Lufthansa ab Dezember die erste Maschine vom Typ A350-900 ausgeliefert.Im gleichen Zeitraum belasten größere Streikmaßnahmen bei Piloten und Kabinenpersonal die täglichen Flugbewegungen, von denen sehr viele ausfallen.