Am 11. September 2001 wurde das World Trade Center (WTC) durch einen Terroranschlag nie dagewesenen Ausmaßes zerstört. Der Komplex war bereits 1993 durch einen Bombenanschlag in der Tiefgarage des Komplexes erschüttert worden (mit sechs Toten und hunderten Verletzten). Es dauerte bis Mai 2002, bis die Aufräumarbeiten am sogenannten Ground Zero, dem Areal, auf dem das WTC gestanden hatte, beendet werden konnten. Auf Ground Zero wurde von 2006 bis 2014 das 541 Meter hohe One World Trade Center gebaut, das seit seiner Vollendung das höchste Bauwerk der USA ist. Ebenfalls wurde eine Gedenkstätte errichtet, die im Mai 2014 eröffnet wurde. Ein neuer Bahnhof am World Trade Center wurde im Februar 2014 teileröffnet. Am 3. März 2016 wurde die Oculus genannte Haupthalle des Bahnhofs eröffnet. Seit den Anschlägen gilt für ganz New York permanent eine erhöhte Alarmbereitschaft; die Polizeipräsenz wurde noch einmal massiv erhöht. Die Lebenshaltungskosten in Manhattan sind seit 2001 massiv gestiegen; sie gelten als die mit weitem Abstand höchsten in den USA. Ende des Jahres 2002 kamen mehr Touristen nach New York als in den Jahren vor den Terroranschlägen.

Der Parteitag der Republikanischen Partei fand 2004 im Madison Square Garden in New York statt. 2004 fiel auch die Entscheidung für das erwähnte Memorial – die Gedenkstätte für die Opfer der Terroranschläge im Jahre 2001 – am Ground Zero. Den Zuschlag erhielten die Architekten Michael Arad und Max Bond sowie der Landschaftsplaner Peter Walkers mit ihrem Entwurf „Reflecting Absence“ (Die Reflexion der Abwesenheit). Die Gedenkstätte wird aus mehreren Wasserbassins, einem gepflasterten Steinfeld und verschiedenen Baumgruppen bestehen, die das weitergehende Leben nach der Zerstörung des WTCs symbolisieren sollen. Unterirdisch wird ein Museum eingerichtet werden, das an die Opfer und die Zerstörung erinnern soll. An den letzten Gebäuderesten des WTCs vorbei werden die Besucher in das Museum gelangen können.

Am 29. und 30. Oktober 2012 richtete der Hurrikan Sandy in New York erhebliche Schäden an. Im Stadtgebiet wurden 47 Personen durch die Auswirkungen des Sturms getötet.[60] Weil die Sturmflut mit einer Springflut zusammentraf, erreichte der Pegel im Battery Park an der Südspitze Manhattans einen neuen Höchststand, der die bisherige Höchstmarke beim Durchzug von Hurrikan Donna 1960 übertraf. In der Folge wurden zum ersten Mal seit über 100 Jahren mehrere Tunnel der New York City Subway überflutet. Der Hudson River trat vorübergehend über die Ufer und überschwemmte etliche Straßen. Die New York Stock Exchange blieb erstmals seit 1888 (Großer Schneesturm) zwei Tage in Folge wegen eines Unwetters geschlossen.

2014 wurde das One World Trade Center feierlich eröffnet. Es ist mit 541 Metern das höchste Gebäude der Vereinigten Staaten.